有些疾病，虽然推拿的作用不能及本，只能治标，但不了解本，治标也是盲目的。如骨折发生疼痛肿胀，在对位固定后，动静结合，适当地施以推拿手法，可帮助消肿止痛，恢复功能，可是在未明确疼痛肿胀是骨折造成的情况下，草率推拿，就会贻误病情，加重损伤。所以，尽管推拿作为一种治疗方法，有其局限性，治病中还必须遵循“治病必求其本”的根本原则。
选取穴位和部位
伤外科疾患一般是以痛为输，局部取穴，因为肌肉、韧带和关节的病变，其症状表现部位大多即是病变部位的区域，但如果急性损伤，局部疼痛肿胀剧烈，就应该：先选取邻近的穴位和部位进行手法操作，待病情稍有缓解，再在局部操作;内妇科疾患，需重视循经取穴和随症取穴，并且又可根据内脏传入神经与体躯传入神经的相互关联，在体表部位选取手法刺激点;小儿推拿取穴，不外乎按照伤外科疾病和内科疾病的不同范围而选部位的深浅以及不同的疾病而决定。
一般情况下，如患者体质强，操作部位在腰臀四肢，病变部位在深层，运动器官的陈旧性损伤等，手法刺激量较大;患者体质弱，小儿患者，操作部位在头面胸腹，病变部位在浅层，运动器官的急性损伤及内妇科疾患，手法刺激量较小。
在推拿临床中，尚须注意以下注意事项
1.由结核菌、化脓菌所引起的运动器官病症不宜进行推拿;
2.癌症一般不作推拿;
3.皮肤病病变损害处，皮开肉绽及烫伤处一般不宜推拿;
4.正在出血的部位不宜推拿;
5.脱位处以整复手法为主;
6.妇女在怀孕期和月经期，腹部和腰骶部不宜使用推拿手法;
7.患者饥饿时及剧烈运动后，推拿时需防止晕倒。