4、引发人体胃肠道疾病：臭豆腐的发酵工序是在自然条件下进行的，易被微生物污染。另外，臭豆腐发酵前期是用毛霉菌种，发酵后期易受其他细菌污染，其中还有致病菌。因此，臭豆腐一次不要吃得太多，以免引起胃肠道疾病。
5、不卫生影响身体健康：现在大多臭豆腐是以化学染料、馊水、污水，甚至粪水加工制成。不肖业者先将豆腐切块水煮，并加入黑色粉末，数分钟后豆腐全染成紫黑色，晾晒后放入盛满又黑又臭的水桶里浸泡变臭，黑水是以田螺与馊水、腐肉、死苍蝇为原料，发酵密封到长蛆，产生刺鼻臭味。若不够臭，再放进少许粪水增臭。
6、霉变引进胃病：臭豆腐本身就是霉变的食物，肠胃不好的尽量不要吃，否则会容易造成胃痛胃胀，腹痛腹泻等。
7、外部加工方式引起致癌：那种炸的臭豆腐，他们的油都是反复使用的，炸很多次也不会换，含有大量的致癌物质,所以为了健康着想，建议还是少吃为好。