甲肝的危害一般可以分为对肝脏、身体其他器官和心理三个方面：
一、对肝脏的损害
各型急性病毒性肝炎患者大多在6个月内恢复，尤其是甲型和乙型肝炎。但如为急性重症肝炎或急性重症肝炎，这时甲型肝炎的危害就是高达60%-70%的病死率，即使恢复，也往往发展为肝硬化。甲肝演变为慢性肝炎的机率是16%，演变为肝硬化的机率是2%。
二、对身体其他器官的侵害
现已证实，甲型肝炎的危害已经可以侵犯其他器官，因此病毒性肝炎还有一个危害性，即是肝外组织的并发症，如关节炎，肾小球炎，结节性多动脉炎等，较少见的有糖尿病，脂肪肝，再生障碍性贫血，多发性神经炎，胸膜炎，心肌炎和心包炎等。
三、患者心理的伤害
甲型肝炎的危害不仅仅是针对患者的身体和生命，而且对患者心理上的打击也是十分沉重的。无论是肝炎发病者还是病毒携带者，都应该积极、主动、彻底地治疗，绝不能对肝炎掉以轻心，也不能认为肝炎病毒终身携带而不会发生病变。