对这类囊肿，观察是最好的办法。通常过几天到两周左右，它们大部分会自动消失。因此医生会告诉你，月经一结束再来照一次超声波，如果一点都没缩小，才考虑是非功能性囊肿。如果观察一两个月都未缩小或消失，可采用中药调理内分泌，直至症状消失。只有在少数的情况下，如囊中如孕三个月、腰痛、造成子宫扭曲等严重症状时才需要开刀切除。
2、出血性囊肿：
有时滤泡囊肿及黄体囊肿生长过速，造成卵巢的组织牵扯而裂开流血。这些血液因没有出口出去而积在卵巢里，就称为出血性囊肿。
这种囊肿一般会自行消失但所需时间较长。如果出现身体不适的现象，则可服药减缓症状。只有在少数的情况下，病人呈现较严重症状时才需要开刀切除。
3、浆液性上皮囊肿及黏液性上皮囊肿：
在观察三个月后，仍然存在的囊肿有可能是属于上皮卵巢囊肿，而非功能性囊肿。这是因为具有分泌功能的浆液细胞及黏液细胞在排卵后被包埋在卵巢内，不断的分泌液体形成囊肿。
4、卵巢癌：
罹患卵巢癌的机率相当低，但因为位于骨盆腔内，并不容易早期发现。这种囊肿是不会消失的，需要开刀切除。
5、巧克力囊肿(子宫内膜异位瘤)：
是指子宫内膜异位症长在卵巢内，在卵巢内形成大量黏稠咖啡色像巧克力状的液体。因为子宫内膜异位瘤会随着时间增加而变大，渐渐侵蚀正常的组织，造成卵巢组织不可逆的损害。
卵巢囊肿的危害
药物治疗效果差，难以消除囊肿。较小的巧克力囊肿可及早采用中医治疗，可达到缩小肌瘤、防止复发的目的。巧克力囊肿囊壁常常很糟脆，容易自发破裂，破裂后，其浓稠的巧克力样囊内液可流入腹腔。这种巧克力样液体的刺激性极强，可刺激周围的腹膜，引起剧烈的腹痛，要及时就医。经过评估其严重性后，可能需要开刀处理。
6、畸胎瘤：
这是一种很特别的囊肿，可能是在胚胎时期的细胞分化上出了问题，经过很久的时间才表现出来。它会在卵巢内生成毛发、牙齿还有一些油脂类的聚集。