(1)卵巢囊肿切除术，年轻患者尤其是绝经前患者多采用此种术式，而尽可能保留正常的卵巢组织。
(2)输卵管卵巢切除术，年龄较大(45岁以上)或绝经后患者，可行行一侧或双侧输卵管卵巢切除术。值得注意的是关于较大卵巢囊肿的手术处理，应不计切口大小，以完整切除为宜，以免破患者脉搏内容物溢入腹腔或切口，术中要注意腹压快速变化引起患者脉搏、呼吸、血压的变动，必要时加速输液或输血，输氧，更要预防早期发现急性胃扩张，麻痹性肠梗阻以及由此而引起的水，电解质平衡失调等。
2.恶性卵巢囊肿的手术治疗
(1)多数患者就诊时多已达晚期，因此要尽一切可能切除原发囊肿及所能见到的盆、腹腔转移灶。由于卵巢恶性囊肿常与子宫，附件粘连或浸润，浑然一体，且紧贴盆腹膜，故现多采取卷地毯式将子宫与肿瘤连同盆腹膜整块切除，又如大网膜切除，部分肠切除，部分膀胱，输尿管切除。
(2)可考虑在腹腔内留置导管，以便术后腹腔内注射化疗药物等使用。
备孕妈妈需要注意五大事项
1、养成日常运动的好习惯，提高自身免疫力，有助于卵巢巧克力囊肿的治疗。
2、避免高度紧张及精神刺激，保持乐观情绪及充足睡眠。日常不宜劳累。
3、卵巢巧克力囊肿患者得病期间，减少排卵的次数，提高自身素质能力。
卵巢囊肿影响怀孕吗
4、卵巢囊肿患者饮食宜清淡，饮食应富含足够的营养，纠正偏食及不正常的饮食习惯，多吃富含蛋白质的食品，另外，新鲜蔬菜水果也要多吃。不宜常食刺激性、海产品等。
5、卵巢囊肿有的时候是会影响怀孕和胎儿的健康的，这时候一定要听从医生的诊断，及时合理的治疗，才能尽量保证孕妇和胎儿的安全，另外再怀孕期间一定要照顾好自己的身体，不要过度的劳累。