肾位于腰部，左右各一，是人体重要的脏器之一，有“先天之本”之称。肾的主要生理功能是藏精，主生殖与生长发育，主水，主纳气，生髓、主骨，开窍于耳，其华在发。
（一）肾藏精，主生殖与发育 精是构成人体的基本物质，也是人体各种机能运动的物质基础，这包括先天之精和后天之精。先天之精禀受于父母，后天之精来源于饮食，由脾胃化生两者贮藏于肾，称为“肾精”。“肾精”是人体生长发育的生殖功能的物质基础，影响到人体各个脏腑。肾的精气盛衰，关系到生殖和生长发育的能力。人从幼年开始，肾的精气逐渐充盛，就有齿更发长等变化；发育到青春时期，肾的精气充盛，产生了一种“天癸”的物质，于是男子就产生精子，女子就开始按期来月经，性机能逐渐成熟，而有生殖的能力；待到老年，肾的精气渐衰，性机能和生殖能力随之减退至消失，形体也就逐渐衰老，故《素问·上古天真论》说：“丈夫八岁，肾气实，发长齿更；二八，肾气盛，天癸至，精气溢泻，……。七八，天癸竭，精少，肾藏衰，形体皆极，八八，则齿发去。女子，七岁肾气盛，齿更发长，二七，而天癸至，任脉通，太冲脉盛，月事以时下，……七七，任脉虚，太冲脉衰少，天癸竭，地道不通，故形坏而无子也。”这充分地反映了肾的精气在主持人体生长，发育和生殖功能方面的作用。如果肾精亏损，则小儿发育迟缓，筋骨痿软，智力发育不全等；成年人则有早老早衰，头昏耳鸣，精力减退等；女子则有生殖器官发育不全，月经初潮来迟，经闭，不孕等；男子精少不育等。
（二）主骨生髓，通于脑 肾主藏精，而能生髓，髓居于骨中，骨赖髓以充养。所以《素问·宣明五气篇》说：“肾主骨”，《阴阳应象大论》说：“肾生骨髓”。肾精充足，则骨髓的生化有源，骨骼得到髓的充足滋养而坚固有力。如果肾精虚少，骨髓的化源不足，不能营养骨骼，便会出现骨骼脆弱无力，甚至发育不良。所以小儿囟门迟闭，骨软无力，常是由于肾精不足骨髓空虚所致。临床上应用中医补肾的药物，加速骨质的生长和愈合，治疗各种骨髓疾病和再生障碍性贫血等均收到满意的效果，这是根据中医的肾藏精，精血互生，肾主骨，精生髓的理论为依据的。
髓有骨髓和脊髓之分，脊髓上通于脑，所以《灵枢·海论》说：“脑为髓之海”。脑的功能是主持精神思维活动，故又称：“元神之府”。因脑髓又赖于肾精的不断化生，如肾精亏虚者，除出现腰酸腿软等症外，还会出现头晕，失眠，思维迟钝等症状。
“齿为骨之余”，牙齿也有赖于肾精的充养，故某些牙齿的疾患也与肾有关，若肾精充足，则牙齿坚固。如小儿生牙过晚，成人牙齿松动，容易脱落等，均为肾精不足的反映。临床上肾虚的牙痛齿摇，用补肾的方法治疗常获得疗效，就是这个道理。
（三）肾主水 主水，主要是指它在调节体内水液平衡方面起着极为重要的作用，肾对体内水液的存留，分布与排泄作用，主要是靠肾的气化功能完成的，而气化作用的动力就是肾阳，还要靠肾阳和肾阴的调节作用，通常将这种调节作用比作“开”与“阖”。一般认为，肾阳主开，肾阴主阖.肾阴不足，则开多阖少，小便则多，常见于尿崩症，糖尿病等，治疗时应滋补肾阴。如肾阳不足，则开少阖多，小便则少，多出现浮肿等症，治疗时应温补肾阳为主。
（四）肾主命门火 “命门”，即生命之门，含有生命根本之意。“火”，指功能动力而言。肾主命门之火是说肾有主管人体生命活动的根本动力的功能。肾有肾阴，肾阳，命门之火就是肾阳，又称元阳，真阳等，它是维持生命活动的动力源泉。从临床看，命门火衰的病人，其病症与肾阳不足病症多属一致，治疗时补命门之火的药物，又多具有补肾阳的作用，之所以称为“命门”，无非是强调肾中阳气的重要性而已。命门之火有滋养和推动各脏腑功能，暧脾运化，助肺吸气，促进生殖机能成熟，促进生长发育，推动水液运行和气化等作用。
若命门火衰，不暖脾胃则可引起五更泻或久泻，或阳萎早泄，滑精，女子等证候。若命门火旺（相火旺），则见遗精，性欲亢进，虚烦不寐等。
（五）主纳气 肾主纳气是指肾有助肺吸气和降气的功能，正常的呼吸既赖于肺的肃降，又赖于肾的收纳，肾在下焦起摄纳的作用，只有肾气充足，肺得其滋助才能气道通畅，呼吸均匀。若气虚而不能纳气时，就会出现呼多吸少。吸气困难的喘息病，临床上称之为“肾不纳气”。这种气喘就是要用补肾纳气的方法进行治疗。
（六）开窍于耳，其华在发 耳的听觉功能，依赖于肾的精气充养。肾主藏精，肾的精气充足，听觉才能灵敏。故《灵枢·脉度篇》说：“肾气通于耳，肾和则耳能闻五音矣。”如果肾精不足，则将出现耳鸣，听力减退等症。老年人所以多见耳聋失聪等症。往往是由于肾精衰少的原故。
精与血又互相化生，精足则血旺，发的营养来源于血，但其生机则根源于肾气，故毛发生长脱落的过程反映了肾气的盛衰，所以《素问·上古天真论》说：“女子七岁，肾气盛，齿更发长”，“丈夫八岁，肾气实，发长齿更”。因此，青壮年肾气盛，毛发茂密而有光泽。老年人肾气虚衰，毛发易于脱落，枯稿发白。故有“发为血之余”，“肾之合骨也，其荣发也”的说法。
（七）肾阴与肾阳 肾阴又叫“元阴”，“真阴”，是人体阴液的根本，对各脏腑组织起着濡润，滋养的作用。肾阳又叫“元阳”，“真阳”，是人体阳气的根本，对各脏腑组织起着温煦、生化的作用。肾中阴阳犹如水火一样内寄于肾故前人又有“肾为水火之宅”的理论。肾阴和肾阳在体内是相互制约，相互依存的，以维持人体生理上的动态平衡。这一平衡状态遭到破坏，则形成肾的阴阳失调的病理变化。若见五心烦热，潮热盗汗，男子遗精，女子梦交等，则为阴虚火旺的见症，是由于肾阴虚少，不足以制阳的缘故，而出现精神疲惫，腰膝冷痛，形寒肢冷，小便不利或小便频数，男子阳萎早泄，妇子宫冷不孕等症，则是肾阳虚衰，温煦和生化的功能不足所致。肾阴虚和肾阳虚之间有内在的联系，在病变过程中常互相影响，即肾阴虚到一定程度可以累及肾阳，肾阳虚到一定程度也可伤及肾阴，成为阴损及阳或阳损及阴的肾阴阳两虚证。