西医治疗
如果没有合并症，手足口病患儿多数一周即可痊愈。治疗原则主要是对症处理，在医生指导下服用维生素B、C及抗病毒药物。此外，手足口病可合并心肌炎、脑炎、脑膜炎等病症，应及时复查。
西医治疗手足口病的方法如下：
1 ） 接触者应注意消毒隔离，避免交叉感染；
2） 密切监测病情变化，尤其是脑、肺、心等重要脏器功能；危重病人特别注意监测血压、血气分析、血糖及胸片；
3） 加强对症支持治疗，做好口腔护理；
4） 注意维持水、电解质、酸碱平衡及对重要脏器的保护；
5） 有颅内压增高者可给予甘露醇等脱水治疗，重症病例可酌情给予甲基泼尼松龙、静脉用丙种球蛋白等药物；
6） 出现低氧血症、呼吸困难等呼吸衰竭征象者，宜及早进行机械通气治疗；
7）维持血压稳定，必要时适当给予血管活性药物；
其他重症处理：如出现DIC、肺水肿、心力衰竭等，应给予相应处理。
手足口病（hand foot mouth disease）是婴幼儿常见的传染病，柯萨奇病毒A16型和肠道病毒71型共同被认为是本病流行的主要原因。我国自1981年在上海始见本病，之后多个省市区均有报道。本病临床上以发热和手、足、口腔等部位出现皮疹、溃疡等表现为主，个别患者可引起心肌炎、肺水肿、无菌性脑膜脑炎等致命性并发症。2008年5月2日我国正式将手足口病列为丙类传染病进行法定传染病管理。本病目前尚没有公认的特效治疗手段，现对本病的药物治疗情况作如下概述。
1 西药治疗小儿手足口病
1.1 阿昔洛韦
阿昔洛韦为一种无环的嘌呤核苷酸类似物，其抗病毒作用为药物进入疱疹病毒感染的细胞后，与脱氧核苷竞争病毒胸腺激酶或细胞激酶，药物被磷酸化成活化性阿昔洛韦三磷酸酯，然后通过两种方式抑制病毒复制：①干扰病毒DNA的多聚糖，抑制病毒的复制；②在DNA多聚糖作用下，与增长的DNA链结合，引起DNA链的延伸中断。治疗剂量为20 mg/kg，加入10 %葡萄糖液100 mL静滴，1次/d;或者口服阿昔洛韦5～10 mg/（kg·d），3次/d。阿昔洛韦作为一种高效广谱的抗病毒药物，具有明显缩短发热及皮损愈合时间，减轻口腔疱疹疼痛，且在治疗期间未见任何副反应。
1.2 更昔洛韦
更昔洛韦又名丙氧鸟苷，是继阿昔洛韦之后新开发的广谱核苷类抗病毒药物。抗病毒作用与阿昔洛韦类似。治疗剂量为5～10 mg/kg，加入10 %葡萄糖液100 mL静滴，1次/d，疗程3～5 d。用药期间酌情使用抗生素及退热药。黄世雄研究表明更昔洛韦治疗手足口病的疗效优于利巴韦林，热退及疱疹消退的时间显着短于利巴韦林。但是，更昔洛韦对骨髓的抑制作用及远期毒副作用尚需进一步研究。陈云健的研究表明使用利巴韦林注射液联合更昔洛韦治疗小儿手足口病效果优于单独使用上述任一种药物。
1.3 干扰素
干扰素作为一种强有力的抗病毒制剂，对多种病毒感染性疾病有明显疗效，已广泛应用于临床。治疗剂量为100万IU肌肉注射， 1次/d。其治疗机制是通过在细胞内阻断病毒mRNA的翻译，抑制病毒核糖核酸合成来阻止病毒复制，同时也能通过增强自然杀伤淋巴细胞毒素的活性而加强宿主免疫力。足量应用干扰素能提高机体的细胞免疫力，达到抑制病毒、促进机体康复目的。胡恭等研究表明干扰素联合中药制剂如小儿清热宁治疗手足口病具有明显疗效。
1.4 利巴韦林
利巴韦林作为抗病毒的常用药，治疗小儿手足口病疗效肯定。治疗剂量为10 mg/kg，加入10 %葡萄糖液100 mL静滴，1～3次/d，疗程3 d；或者口利巴韦林含片1/4～1/2片，4次/d。用药期间酌情使用抗生素及退热药。副反应是罕见的出汗，食欲不振及低血糖等。本药目前在一些大医院不再作为治疗手足口病的首选药物。但因其总体上副反应少且价格低廉，安全可靠，疗效高，适用于基层医院推广使用。
1.5 思密达
思密达的有效成分是八面体蒙脱石微粒，具有层纹状分子结构，对消化道的病毒、细菌及其产生的毒素有较强的固定、吸附和清除作用，对消化道黏膜有很强的覆盖能力，能与黏液蛋白相结合，提高黏膜屏障对攻击因子的防御功能，能促进上皮组织恢复和再生。对于手足口病的患儿特别是口腔溃疡严重的患儿以适量思密达用温开水搅成糊状，4次/d，分别于早、午、晚饭后及睡前涂于口腔溃疡局部，可明显缩短小儿口腔溃疡的愈合时间，未出现明显毒副作用。且思密达口味香甜，患儿易于接受，值得在临床推广使用。
2 中药方剂治疗小儿手足口病
本病属中医“湿温”、“时疫”等范畴。病因为湿热疫毒，多因内蕴湿热，外受时邪，留于肺、脾、心三经而成。外邪自口鼻而入，侵袭肺、脾二经，肺主皮毛，故初期多见肺卫症状，如发热、流涕、咳嗽；脾主四肢，开窍于口，手足口受邪而为水疱，口舌生疱疹、溃疡。目前中医药治疗本病，主要采用辨证分型、辨病分期、专方加减三种基本方法。可达标本兼顾，减轻症状、缩短病程之功效。
中医治疗
普通型（心脾积热）：发热，无汗，手足口出现疱疹，其中口舌疱疹色红，疼痛剧烈，患儿流涎较多，纳差，不能进食，大便秘结，舌质红，苔黄腻。 中医治法：清热解毒化湿
方药：大黄黄连泻心汤加减
药物：大黄3克，黄芩6克，黄连3克，五倍子6克，薄荷6克，水煎50毫升，分2次服。
普通型（湿热交阻）：发热，无汗，手足口出现疱疹，口舌疱疹色暗红，疼痛不剧，腹胀，纳差，大便正常或稍溏，舌暗红，苔白腻或稍黄腻。
中医治法：辛开苦降，清热化湿解毒
方药：甘草泻心汤加减
药物：生甘草10克，半夏6克，黄芩6克，黄连2克，干姜3克，柴胡10克，藿香6克，水煎50毫升，分2次服。
重型（中枢神经系统感染）：发热、皮疹，高热，无汗，烦躁，嗜睡，烦躁，易惊，或伴肢体痿软、瘫痪，舌红，苔白腻或黄腻。
中医治法：清热化湿，镇肝熄风
方药：风引汤加减
药物：大黄3克，生石膏20克，寒水石10克，滑石10克（包煎），赤石脂10克，白石脂10克，紫石英10克，生牡蛎10克，生龙骨10克，干姜3克，桂枝6克，甘草3克，水煎50毫升，分2次服。
重症加减方案：热势较盛，加用羚羊角粉；肢体阵挛重，加用薏苡仁、地龙、木瓜；便秘减赤石脂，腹泻减大黄，减生石膏用量，加用升麻、葛根；肢体软瘫，加用鲜地龙、秦艽、威灵仙、丝瓜络（湿热条辨方）；后期热退减石类药物，益气养阴清热通络