一种疾病根据它的性质、并发症状等方面的不同，可以将它分为不同性质的疾病。消化不良这种疾病同样也可以分类。在医学上，消化内科的专家将消化不良分为器质性消化不良和功能性消化不良两类。按照1999年罗马会议标准，将功能性消化不良分为溃疡样消化不良、动力障碍样消化不良及非特异性消化不良三个类型。不同的类型，应用的药物当然也就不一样。
1溃疡样消化不良
主要表现为上腹疼痛或不适，并且至少包括以下中的一项：夜间痛、周期性腹部不适、进食或服用抗酸药物可使腹痛缓解。治疗可服用抗酸剂或抑酸剂，如H2受体阻断剂雷尼替丁、法莫替丁等，或质子泵抑制剂奥美拉唑等。
2动力障碍样消化不良
主要表现为上腹不适，并且至少包括以下中的两项：餐后腹胀，过早饱腹感;餐后恶心，呕吐;不能耐受脂肪类食物或弥漫性上腹疼痛。治疗可服用促胃动力药物，如西沙比利、多潘利酮等。
3非特异性消化不良
除表现为上腹不适外，无其他特异性症状。研究表明，胃酸分泌、胃肠动力异常、幽门螺杆菌感染、神经心理因素等在功能性消化不良的发病机制中起一定作用，各种饮食因素，如咖啡、吸烟、饮酒等也可能引起消化不良症状。对于存在幽门螺杆菌感染的功能性消化不良，根除幽门螺杆菌具有一定的疗效，但如果治疗后，患者的症状仍持续或反复存在，应密切随访，注意寻找其他病因。对于怀疑存在心理或精神问题的患者，需进行心理测试，可请心理医生及精神科医生诊治。
当我们生病了，我们要去医院检查一下，看到底是患了什么病，我们不能随便拿一种药就吃。本来治疗别的疾病的药，你拿来治疗这个病，那肯定是不可取的。轻度的情况是治不好你的病；重者，就是反而使你的病情更加严重；最严重，就是危及你的生命。所以，我们在生病的时候，一定要对症下药，禁忌随便服用药物！功能性消化不良有三个类型，我们就要根据不同的症状进行医治。