目前，市场上常见的金针菇有两种颜色：白色和黄色。优质白色金针菇应色泽纯白或乳白，黄色金针菇应是淡黄至黄褐色，菌柄颜色上浅下深。不管哪一种，颜色纯正，菌盖圆整紧密不开伞，根部没有白色的气生菌丝才是宜选宜食的新鲜金针菇。
专家提醒，如果金针菇颜色特别均匀、鲜亮，没有原来的清香而有异味，可能经过漂、染或用添加剂处理过，要留意其药剂会不会影响健康，残留量是否超标。金针菇罐头如果颜色鲜亮，有刺鼻气味，汤汁浑浊且有悬浮物的，可能是经过特殊处理的，不宜选购。
如果担心金针菇在售卖时经过了漂、染等处理，可以在做金针菇之前用开水焯一下，同时在水里放一小勺盐，这样可以把残留的硫去掉，还可以起到杀菌的作用。
食用金针菇还要注意以下几点：
金针菇的部分物质可以刺激并诱发红斑狼疮肾病，而且金针菇含嘌呤物质多，而痛风正是由于嘌呤代谢异常出现的症状，因此痛风、红斑狼疮患者要小心食用，以免加重病情；此外，金针菇性寒，脾胃虚寒、慢性腹泻的人应尽量少吃。