食指朝上，一手的拇指与另一只手的食指一起绷紧牙线，通过手指头多肉的地方，使牙线在两手手指头间约1厘米，手指打直，指甲对指甲。把牙线带进牙缝，沿着牙齿滑进牙齿和牙靓交接的缝内，以遇到自然的阻力为止。然后将牙线绷紧牙齿的而，并做上下运动，直到听见“吱嘎”声。刮一边的牙面后，再刮同一牙缝的另一牙面，在刮牙面时要绷紧牙齿的面，并略呈“C"字形，使牙线的接触面积可以涵盖整个邻接面。
开始练习牙线时，可从正中门牙开始，之后循序向后牙移动，操作右边前牙区时，应用右手拇指：左边前牙区时，则用左手拇指，这样操作比较顺手。用牙线清洁牙齿到嘴角时，拇指便会感到不便，此时可用食指取代拇指，即用两食指的搭配，一食指放在牙齿的内边，另一食指放在牙齿的外边，将脸颊撑开，这样更容易进入后牙区，而且不会伤到嘴角。
下颚的前牙，仍是一拇指和一食指搭配，此时食指调整为由上至下，要领是抬高食指手的手臂，下颚的后牙区和上颚一样，用两食指搭配的方法。