但后来因为竞争激烈，个别商家开始动脑筋，从口味上、成本上下工夫。
2009年的时候，就有报道说，有些色香味俱全的珍珠奶茶事实上只是用几种粉末勾兑而成，奶精(注：不是奶粉，更不是鲜奶)、塑料、芒硝和工业氯化镁等化学品竟成为部分珍珠奶茶的主打原料。
一家连锁珍珠奶茶店的老板说，珍珠奶茶中的黑色小圆，他们称之为珍珠粉圆，公开的主材料是木薯淀粉，但单纯的木薯淀粉并不能让珍珠弹性十足，如今比较通用做法是在其中加入小麦蛋白。
即便如此，有的商家也觉得弹性还不够，为了让珍珠更有“嚼头”，于是再添加人工合成的高分子材料。
“说白了，高分子材料就是塑料，这也是行业内心照不宣的秘密，这样的成分不可能被人体吸收。”
而营养学家及医生们，对珍珠奶茶的营养价值，一直评价很低。
营养学专家曾在《饮食科学》杂志上撰文《粉碎珍珠奶茶的营养神话》中说，珍珠奶茶中的奶精，所含的牛奶成分微乎其微。
它不能补钙，更不能补充蛋白质，只会提供糖分和脂肪。特别是脂肪含量高达40%-75%。最糟糕的是，奶精中的氢化植物油，这是一种反式脂肪酸，喝多了，不仅会影响心脑血管健康，还可能增加乳腺癌和糖尿病的发病率。
专家说，偶尔喝杯珍珠奶茶不会对身体带来大的损害，但她提醒两岁以内的幼儿不宜饮用珍珠奶茶，学龄前的小孩也尽管少喝。
因为小孩体内的解毒系统还没发育成熟，对奶茶中的香精、色素和其他食品添加剂成分更为敏感。另外，糖尿病患者、心脏病患者、失眠者、孕产妇等也不宜饮用。
专家不建议小孩喝珍珠奶茶，那些人工色素、防腐剂对小孩有害无益，而那些珍珠也容易被吸到气管里。
专家整理出一份垃圾食物排行榜，其中大家就提到了珍珠奶茶。专家对它的点评是，珍珠奶茶的营养含量低，如果里面含奶精、甜味剂、色素过多，大量食用后会增加肾脏的负担。
据营养师表示，珍珠奶茶主要由茶水、糖浆、奶精、固体添料和液体添料组成。一杯400毫升的珍珠奶茶常温下需添加20毫升糖浆、30克奶精及适量珍珠，而这一杯的热量几乎相当于一碗白米饭!