咖啡的“不良表现”远不止这些。如果每天喝太多咖啡(比如六杯以上)，可能导致上瘾，对咖啡的敏感性下降，又会进一步喝得更多。喝太多，可能会导致失眠、紧张、胃部不适、恶心、呕吐、心率与呼吸加快、头痛、耳鸣都等症状。对心脏病人，每天五杯就达到“不安全”的量。
很多人关心孕妇产妇能否喝咖啡。基于目前的科学证据，一般认为：每天不超过两杯(大概200毫克咖啡因)还是可以接受的。孕妇超过这个量，会增加流产、早产或者婴儿体重不足的风险。而母乳的产妇，超过这个量可能会刺激婴儿的消化道，以及影响婴儿睡眠等。
一般而言，儿童对咖啡因比成人更为敏感。考虑到回避副作用对儿童更加重要，所以建议儿童最好不要喝咖啡。
虽然有调查数据显示咖啡能降低二型糖尿病的风险，但是咖啡因对血糖的影响，增加和降低的研究结果都有。所以，对于糖尿病人，如果要喝咖啡的话，一定要注意监控自己的血糖变化，及时作出调整。
此外，咖啡也能增加钙流失。如果有骨质疏松症状，每天的咖啡因摄入就不要超过300毫克(相当于两三杯咖啡)。老年女性很容易出现骨质疏松，也就需要更加注意。
对于喝咖啡来说，更应该注意的是与药物的反应。最需要小心的是麻黄碱，它具有刺激神经兴奋的作用。如果加上咖啡，其效果就会大大加强，从而出现“过量服药”的症状。而含有麻黄碱的感冒药很常见，比如康泰克、白加黑等等。
除此以外，很多药物的代谢会跟咖啡因的代谢互相影响。这种影响有的是增加咖啡因的作用(当然包括副作用)，有的是增加药物的效果，有的是降低药物的效果。药物的剂量是按照正常使用的效果来设计的，不管是增强还是减弱，都会影响治疗。能够与咖啡因互相影响的药物太多，普通人大概无法记住，所以，最简单的做法就是：在服用各种药物期间，都不要喝咖啡。
作为成分复杂的天然提取物，不同的成分有不同的作用，不同的实验得到不同的结果并不惊人惊讶。作为饮料，咖啡可能有惊人心动的“保健功能”，也可能有让人担心的“副作用”。这些研究结果多是流行病学调查，结论也谈不上盖棺定论。综合这些正反方面的研究，目前比较广为接受的推荐是：健康成年人，每天喝两三杯咖啡，“益处”超过了“风险”；对于孕妇产妇，不超过两杯，也可以接受。其他的人群，就需要根据具体情况来权衡了。