处理学校恐惧症的第一个步骤，是使孩子尽早回到学校，开始时应先对孩子及家庭进行适当的测评，以确定孩子是否能够回到学校(往往是能够的)，同时确定孩子及家庭环境中有哪些因素阻挠孩子回到学校，哪些力量能够支持孩子回去。要告诉孩子及家长，无法上学是情绪障碍的一种症状，而治疗的关键是立即回到学校去。在此之后的治疗措施则各不相同。有些咨询师仅仅通知父母，让他们自己相处切实可行的办法，以实现孩子回到学校的目标，然后每周数次对孩子及父母进行心理治疗，确定并解决回校后遇到的种种困难。
学校恐惧症的病因
1.内因。这类孩子均有以下的性格特点：胆小、仔细、敏感、多疑、特别爱面子、经不起批评(惩罚)。
2.外因。这类孩子的家长、老师及本人常期望过高，作业多，往往超过患者心理所能承受的程度，导致孩子心理失衡，逐渐形成焦虑感。
“上学恐惧症”是一种情绪障碍，主要特点是对学校产生恐惧。它不是一个专用的医学术语，只是由于近几年此类学生较多，才形成了这样一个俗语。它的主要症状是情绪低落、心慌意乱、无缘无故发脾气、浑身疲劳、注意力不集中、记忆力减退、失眠等，有的还有头痛、胃痛等躯体不适症状。主要的诱因是“上学”这个特殊的事件，导致自己对学校生活的适应产生焦虑和恐惧或对分离性焦虑、学习适应不良、人际交往困难等不良情绪和行为的唤醒。
如何治疗学校恐惧症
前者是由于自己的人格缺陷或对学校和学习过于紧张所致;后者往往在学校学习或在其他活动上有挫折和遭受委屈、羞辱的经历。升学压力、人际交往不适应等方面是导致“上学恐惧症”的重要原因。特别是心理素质和适应能力较差的学生、在学校经常受到老师批评的学生、学习成绩不好的学生、对新环境不能很快适应的学生、部分过于追求完美的优秀生等五类学生是“上学恐惧症”的易发学生群。