由于双方争议很大，所以松阳县公安局委托鉴定机构进行鉴定。杭州华硕司法鉴定所经鉴定后认为：死者符合因胃穿孔导致弥漫性腹膜炎、感染性休克死亡。虽然死者心脏偏肥大，又有右冠状动脉粥样硬化Ⅱ级表现，为死者生前的基础病变，但鉴定认为与死亡无直接因果关系。
后又经松阳县公安物证鉴定室鉴定认为：死者张大爷胃破裂损伤在公交车上剧烈碰撞可以形成。
最终法院采纳了鉴定意见，认为张大爷乘坐公交车时，与公交车公司形成城市公交运输合同关系，公交车公司作为承运人有义务将乘客安全、及时送达目的地。因此，公交车公司应当对运输过程中旅客的伤亡承担损害赔偿责任。