首先，我们虽应深信气功的效用，但却不应迷信气功的万能，实践证明，气功不能包治所有疾病，即使是气功师也可能生病，甚至不治，更不能使人长生不死。须知世间致病因素很多。练气功固然能改善人体各器官的功能，增强人体免疫功能力，提高保养身体的自觉性，从而减少疾病的发生，或者治愈某些疾病；却也未必能杜绝一切致病因素的侵袭，也未必有足够的力量摧毁所有的病灶。
练功有好坏，功力有大小，因而抗病、治病的能力也各不相同。所以我们决不能过于迷信气功的作用而排斥一切医药。特别当患了某些急症时，更应及时送医院抢救，若一味椅赖气功，则往往误事！
再者，对于外气治病，我们更不应抱有不切实际的幻想。尽管有些高级医疗气功师治病效果十分神奇，但毕竟效果好的只是少数。一则真正高级的医疗气功很难见到，二则即使是高级医疗气功师其效果也难确保。
因为疗效的好坏受很多因素的影响，譬如医疗气功师当时的功能状况，患者自身经络的敏感程度，患者与气功师能否配合得好，以及外界的干扰情况等等。可能有些病症非一两次发功就能立竿见影，倘若患者又因种种原因无法坚持治疗下去，也难免功亏一蒉。所以由气功师发放外气来治病，其临床价值极为有限，仅凭报刊杂志或道听途说得知的医疗气功师治病的若干神奇事例，便对外气治病迷信得不得了。可是一旦发现气功治病无效或低效时，便大喊“上当受骗”！其实这些人是自己对气功的认识不足，不知气功方法是以自我身心调练为主，配合其他各种治疗手段达到祛病之功效。故应辩证、客观、实事求是地看待气功，科学合理地运用气功健身祛病。
其次，不少气功门派都声称自己的功法来源于佛教或道教。有些气功师也特爱宣传宗教迷信的作用，将气功与宗教迷信挂钩、于是导致许多练功者由信仰气功转而迷信。
其实这里面有许多误解，须知气功未必来源于宗教。可以说自有人类就有了气功。人类在求生过程中，不断与疲劳和疾病作斗争，自发地产生一些自我锻炼方法，有些就可以视为气功的雏型。无论行、住、坐、卧，若能放松、入静，时间久了，均能达到气功的微妙效应。这些都无需什么文化知识，与宗教信仰亦无甚瓜葛，人们能自然学会，甚至有些动物亦能做到。
众所周知，龟蛇长寿，或逾千年。自古以来就流传有模仿龟蛇的功法（称为龟息法、龟蛇功）。亘古至今人类中之聪朋灵慧者或官能独异者，善于总结、积累有效的养生之法，用口头或文字传播下来，便是各种功法。许多宗教的创始人和弘法者，往往天赋特异且才智过人。他们所倡导的一些修炼方法诚然也可视为优秀的气功功法，然而他们所宣传的宗教理论未必都能成为气功的指导思想。毕竟气功不同于宗教。