心肌炎的治疗方法常见的有：
一、针对心肌的治疗：高浓度大剂量维生素C对纠正休克，促进心肌病变恢复，效果明显，因而是临床上常用的治疗药物之一，泛癸利酮（辅酶Q10）对受到心肌炎病毒感染的心肌细胞有保护作用，因此临床上也常应用，肌苷也是目前临床上常用的辅助药物之一，危重患儿抢救时。也可加用能量合剂或极化液，静脉滴注。
二、肾上腺皮质激素和免疫抑制药：肾上腺皮质激素主要作于抢救心源性休克和三度房室传导阻滞，对其他治疗无效者也可试用，一般认为，为避免病毒感染扩散，发病10天内尽可能不用激素，免疫抑制药在疑似及确诊的病毒性心肌炎患者的应用仍有争议，最近国外发表的心肌炎治疗试验显示，在硫唑嘌呤加泼尼松（强的松）组，环孢素加泼尼松（强的松）组及常规治疗组之间治疗结果无显着差异，尽管这一研究在成人中进行，但其结果可能适用于儿童。
三、合并心力衰竭及心源性休克的处理：对并发心力衰竭及心源性休克者必须及时予以积极的处理，处理原则与一般心力衰竭及心源性休克相似，包括洋地黄的应用，血管扩张药，磷酸二酯酶抑制剂，利尿药及扩容纠正酸中毒等，但在洋地黄应用时应注意在心肌炎急性期，心肌对洋地黄敏感，易出现毒性反应，应避免快饱和，用药剂量也应适当减少。
四、心律失常的治疗：心律失常必须积极治疗，室上性心动过速洋地黄治疗有效，室性心动过速可用利多卡因或胺碘酮静滴，如室性心律失常虽经积极治疗仍快速进展至室性纤颤（这种情况在小婴儿更易发生）应即刻予以直流电复律，如发生完全性房室传导阻滞，应安置心内膜起搏器，因心律失常可发生在心肌炎恢复后很长一段时间，因此，心肌炎患儿康复后需长期随访。