因为切除后可能会影响局部的免疫反应，降低身体抗感染的能力。如果扁桃体炎反复发作，妨碍呼吸和吞咽，引起风湿及肾炎等疾病时，应及时切除。一般儿童扁桃体切除术应在四岁以后进行，而且要等炎症消退后两周至三周切除比较适宜。但若发作过于频繁，不能久等，可考虑在发作消退后数天施行手术。
何时需要切除扁桃体
下述情况有必要切除扁桃体：频繁发作的扁桃体炎，或者扁桃体病变全面影响健康或使中断学业，以及影响听力或呼吸时。然而，有时施行扁桃体切除术是不必要的，如果诊断有怀疑就要考虑是不是其他问题。
扁桃体切除利弊
手术在全麻下进行，当患者进入深睡眠状态并且丧失痛觉时，将扁桃体剥离切除。大多数切口无须缝合，可自然愈合。患者一般术后住院观察24小时以上。一般认为扁桃体切除不会对以后的生活有任何不良影响。