目前对咳嗽变异性哮喘的发病机理，大多数学者认为与典型的哮喘病的机制是一致的，是一种气道变应性炎症。仅仅是病程进展程度不同或气道炎症的严重程度不一而已。 一般对于小儿变异性咳嗽，我们可以采取以下的机制予以治疗和预防。
(1)积极查找致敏原：常见为吸入某些植物花粉、屋尘、螨、真菌孢子、动物皮屑、食物中的鱼、虾或接触油漆染料等。要仔细观察每次咳嗽发作前有什么因素存在，找出致敏因素，加以避免，防止再次接触。
(2)避免诱因：咳嗽变异性哮喘发作的诱因可有三种可能：一是气候改变，冬春季为高发期，冷空气刺激为主要诱因，因而要作好保暖防护，特别是冬季清晨出门要穿暖和并戴上口罩;二是运动后咳嗽加重，因而有此类哮喘患儿要避免剧烈运动;三是情绪激动、大哭大闹亦可诱发咳嗽发作，因而要尽量使患儿保持情绪稳定。
(3)增强机体免疫功能：咳嗽变异性哮喘实质是哮喘，而哮喘是变态反应性疾病，即因免疫功能异常而引起变态反应、因此要注意改善和增强机体免疫功能。
治疗咳嗽变异性哮喘的原则与哮喘相同，因发病机制与哮喘病相同，都是存在气道慢性变态反应性炎症及气道高反应性的病理改变，所以，较长期地应用控制药物--吸入激素或白三烯受体拮抗剂，能取得较好疗效，疗程可较治疗哮喘时间短。虽然，白三烯受体拮抗剂的抗炎作用没有激素强，但对于不愿意应用吸入激素治疗或病情轻的患儿可推荐使用，现在白三烯受体拮抗剂已被用于2岁以上患儿。