甲癣的发生是由于指(趾)甲因外伤或经常搔抓而导致破损后感染真菌而引起的。如果真菌侵人甲根部，影响了甲的生长，就会引起甲发育不良或甲畸形。
例如，患者有脚癣或股癣，由于瘙痒难忍常用手指甲搔抓，这样手指甲会沾上许多病损中的真菌。长期反复搔抓摩擦，指甲很容易有破损，从而使真菌乘虚而入引起甲病。
此外，还有一种情况容易患甲癣，即全身或局部抵抗力低下时。前者主要是指先天免疫功能缺陷而对真菌特别易感者，后者见于甲营养不良或甲发育异常患者。
值得注意的是，引起指甲改变的原因有很多，不能认为指(趾)甲有病都是甲癣。甲癣的发病往往从一个指(趾)甲开始，而后逐渐波及其他指(趾)甲。如果十个手指甲或脚趾甲同时发病，则往往是全身性疾病的一种表现。当然确诊甲癣的最根本的证据是真菌检查，即从病甲上刮取少量碎屑，或显微镜直接检查，或在培养基上培养，只要能找到致病的真菌就可以确定患了甲癣。