肾脏并发症
大约一半的狼疮患者会并发肾脏疾患,患者会出现脚踝和小腿水肿（由于体液潴留）。肾脏并发症的首发症状通常是尿检异常，比如蛋白尿,血尿,尿白细胞增高，细胞管型（红细胞,白细胞或肾脏组织细胞集落）。
在少数病例，肾脏损害严重以至于出现肾功能不全。根据损害的程度,相应的治疗方法包括：冲击疗法控制狼疮病情，透析和肾移植。
心脏并发症
狼疮所致的心脏病变包括：
（1）心包炎，是最常见的狼疮性心脏病变。
（2）供应心脏的血管（冠状动脉）硬化。狼疮患者动脉粥样硬化的风险增高，可能并发严重的冠状动脉病变。冠状动脉病变较非狼疮患者更早发生。
（3）心脏瓣膜病变，大约30%长期处于病情活动期的患者会并发心瓣膜病变，心脏瓣膜损害后易发生感染（心内膜炎），血栓形成和心功能不全。严重者需要手术更换瓣膜。
红斑狼疮的八大并发症
（4）心肌炎.狼疮性心肌炎不常见，但是能导致心律不齐，心率时快时慢并且不规则。
肺部并发症
大约一半的狼疮患者会出现肺炎和其他肺部并发症，肺的多个部位都可能发生病变。有时没有症状，有时会导致呼吸疼痛，咳嗽，深呼吸时胸痛（胸膜炎）。绝大部分患者会有呼吸痛，这种疼痛如果不是胸膜炎所致，则可能是胸肌炎，肋骨炎，韧带炎，或者是肋软骨炎症所致。在这些病例中，肺没有损害。
狼疮性肺部并发症还包括较少见的发热,咳嗽,肺软组织炎症（急性狼疮性肺炎）。约25%会分泌一种促进血栓形成的自身抗体，这类病人发生肺栓塞的危险性大大增高。另外一个罕见的并发症是肾衰竭或则心衰所致的急性肺水肿。
血液系统并发症
狼疮患者血液学异常很明显，但不一定都表现出可察觉的临床症状。少数病例会发生危及生命的并发症，包括：
（1）红细胞病变，携氧能力受损；白细胞病变，抵抗感染能力下降；血小板病变，凝血功能障碍。
（2）红细胞破裂所致的贫血（溶血性贫血），血小板计数减少（血小板减少症）。贫血也有可能是治疗药物的副作用之一。
（3）脾或者淋巴结功能异常。
（4）分泌抗某种凝血因子抗体，这大约发生在25%的狼穿患者,称为抗磷脂抗体综合征，这种综合征患者的血液极易凝固。