当查及患牙深洞有息肉时，临床上还要与牙龈息肉和牙周膜息肉相鉴别。牙龈息肉多是牙龈乳头向龋洞增生所致。牙周膜息肉发生于多根牙的龋损发展过程中，不但髓腔被穿通，而且髓室底亦遭到破坏，外界刺激使根分叉处的牙周膜反应性增生，息肉状肉芽组织穿过髓底穿孔处进入髓腔，外观极像牙髓息肉。
在临床上进行鉴别时，可用探针探察息肉的蒂部以判断息肉的来源。当怀疑是牙龈息肉时，可自蒂部将其切除，见出血部位在患牙邻面龋洞龈壁外侧的龈乳头位置即可证实判断。当怀疑是牙周膜息肉时，应仔细探察髓室底的完整性，摄X线片可辅助诊断。一旦诊断是牙周膜息肉，应拔除患牙。