1、腹腔镜手术：
腹腔镜手术就是利用腹腔镜及其相关器械进行的手术，也可在输卵管伞部行造口术，消除伞部积水、粘连、盆腔粘连分离，实施卵巢巧克力囊肿剥除术。
腹腔镜手术是本病最佳处理方法，腹腔镜手术应为内异症的首选治疗方法。但腹腔镜手术的选择及效果在很大程度取决于设备、器械和手术者的经验及技巧。
2、开腹手术：
开腹手术可用于腹腔镜条件不具备或非常复杂的手术，如严重粘连和有多次手术史者。
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不过应根据患者年龄、症状、体征、病变范围以及对生育要求等加以选择，强调个体化治疗。具体考虑的因素是：
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1、症状轻或无症状的轻微病变选用期待治疗。
2、有生育要求的轻度患者明确诊断后先行药物治疗，病情重者行保留生育功能手术。