上卷载有“古人所绘脏腑图形”和王氏“亲见改正脏腑图形”，并从解剖和生理学角度撰写了“会厌左气门右气门卫总管气府血府记”、“津门津管遮食总提珑管出水道记”以及“脑髓说”、“气血合脉说”等。记叙其通过尸体解剖观察所见，纠正古人对脏腑解剖和生理功能认识上的某些错误。并阐明其“业医诊病，当先明脏腑”和“治病三要诀，在明白气血”的学术观点。
上卷中还包括“方叙”以及通窍活血汤、血府逐瘀汤、膈下逐瘀汤所主治等篇，主要论述瘀血形成的病理和瘀血证治，并分别创制活血化瘀新方剂。如治疗头面、四肢、周身血管血瘀创制通窍活血汤、加味止痛没药散及通气散;治疗胸中血府血瘀诸症则用血府逐瘀汤;治疗肚腹血瘀之证则用膈下逐瘀汤等，为治疗人身不同部位血瘀病证提供了新鲜经验。
本书下卷主要是论述王清任运用祖国医学气血学说对半身不遂、口眼歪斜、小儿半身不遂、瘫痿、瘟毒吐泻转筋、抽风、痘疹、女子不孕、难产、痹证、癫狂、痫证等50余种病症的临床医学理论认识和诊治经验。特别是着重介绍了王清任结合不同病症的病因病机特点而创制的活血化瘀方剂，诸如补阳还五汤、止泻调中汤、保元化滞汤、助阳止痒汤、黄芪桃仁汤、黄芪赤风汤、黄芪防风汤、急救回阳汤、解毒活血汤、通经活血汤、会厌逐瘀汤、身痛逐瘀汤、癫狂梦醒汤、少腹逐瘀汤等，大大丰富了祖国医学瘀血理论和活血化瘀法的临床实践。该书除了记述他对人体解剖方面的贡献外，用了更多的篇幅论述了他对气血为病，特别是气虚血瘀症的诊治经验。书名为《医林改错》，内容实质确属关于瘀血和活血化瘀之专著。
由于王清任所处历史环境受封建社会的强烈束缚，他所观察的人体脏器解剖记载存在着许多错误，故后事医家对此褒贬不一，争议颇大。但客观来说，他不失是中国医学史上一位有胆有识、具有革故鼎新思想的杰出医学家。他继承并创造性地发展了中国医药学，特别是血瘀论及活血化瘀治法的研究，从理论到实践均做出了巨大贡献，被誉称为活血化瘀名家。目前，对“血瘀”和活血化瘀法的研究，已引起了国内外医学界的普遍重视，形成了独特的医学体系。因此，王清任被公认为是活血化瘀派的代表人。