穿山甲又叫鲮鲤，根据陶弘景著《本草经集注》的记载，穿山甲是一种食蚁动物，它“能陆能水，日中出岸，张开鳞甲如死状，诱蚁入甲，即闭而入水，开甲蚁皆浮出，围接而食之。”穿山甲的生活习性果真是这样吗?为了弄清这个问题，李时珍跟随猎人进入深山老林，进行穿山甲解剖，发现该动物的胃里确实装满了未消化的蚂蚁，证明了本草书的记载是正确的。但李时珍发现穿山甲不是由鳞片诱蚁的，而"常吐舌诱蚁食之。"他修订了本草书上关于这一点的错误记载。同时他又在民间收集了穿山甲的药用价值，记载了一段"穿山甲、王不留，妇人食了乳长流"的顺口溜。
有人说，北方有一种药物，名叫蔓陀罗花，吃了以后会使人手舞足蹈，严重的还会麻醉。李时珍为了寻找曼陀罗花，离开了家乡，来到北方。终于发现了独茎直上高有四、五尺，叶象茄子叶，花象牵牛花，早开夜合的蔓陀罗花，他又为了掌握蔓陀罗花的性能，亲自尝试“乃验也。”并记下了“割疮灸火，宜先服此，则不觉苦也”。据现代药理分析，蔓陀罗花含有东莨菪碱，对中枢神经有兴奋大脑和延髓作用，对末梢都有对抗或麻痹副交感神经作用。
李时珍在做蔓陀罗花毒性试验时，联想到本草书上关于大豆有解百药毒的记载，也进行了多次试验，证实了单独使用大豆是不可能起解毒作用的，如果再加上一味甘草，就有良好的效果，并说：“如此之事，不可不知”。
李时珍不仅对植物药、动物药进行仔细的调查、观察，对矿物药也做了不少调查工作。他曾到过铜矿、铅矿、石灰窑等地进行调查研究。根据本草书的记载，铅是无毒的物质。李时珍为了了解铅的性能，深入矿区，见到矿工们的艰苦工作条件，写道：“铅生山穴石间，人挟油灯入至数里，随矿脉上下曲折砍取之”通过对矿工们的健康调查，认识到铅是有毒物质，“性带阴毒，不可多服”。同时又掌握了铅中毒会引起中毒性肝炎而出现黄疸症状。“若连月不出，则皮肤萎黄，腹胀不能食，多致疾而死”。