4、胃肠道问题
最令人担心的是插入到转基因大豆里的基因转移到生活在我们肠道的细菌的DNA里面去，并继续发挥作用。这意味着吃Bt玉米所造成的玉米片，会把我们的肠道细菌转变成生活着的农药制造厂，可能直至我们死为止。美国人在过去十年中，有着大幅增加的胃肠道的问题。这种大量增加，医生多认为食用转基因食品造成的。最严重的问题还不止于此。
5、过敏
在转基因操作中，含有从细菌中提取的基因的食品有可能导致过敏现象的扩展，使人发生过敏反应，特别是对儿童，孕妇和具有过敏体质的成人。比如:科学家将玉米的某段基因加入到大豆、小麦和贝类动物的基因中，蛋白质也随基因加了进去，那么，以前吃玉米过敏的人就可能对这些大豆、小麦和贝类食品过敏。
6、心脑血管疾病
这些转基因大豆里，被他们的生物科学家植入了饱和脂肪基因。这些基因导致转基因大豆生产出来的豆油，在进入人体以后，会形成大量的饱和脂肪，增加了血液的血粘稠度，为脂肪肝、高血脂、脑血栓等重大心脑血管疾病埋下了慢性定时炸弹。
7、引发新疾病
转基因技术采用耐抗菌素基因来标识转基因化的农作物，这就意味着农作物带有耐抗菌素的基因。这些基因通过细菌而影响我们。英国的研究显示，转基因作物中的突变基因可能会进入到生物体内，其结果可能会导致新的疾病。如果类似结果发生在人和动物体内，就可能培养出功效最强的、抗菌素也无法杀死的超级细菌。