中西药联合应用不当时也会产生不良反应，出现现毒副作用而影响临床疗效。在中西药并用，或中西药在一日之内交替使用时，都必须严枰格掌屋中西药的配伍禁忌。
1)形成难溶性物质：如四环素族及异烟肼等能与石膏、海螵蛸、石决明、龙骨、牡蛎、瓦楞子等所含钙、镁、铁、铝等离子产生反应，生成难溶于水的络合物，影响前者的吸收，从而降低疗效。
2)影响药物的分布与排泄：如磺胺类药物与富含有机酸的乌梅、蒲公英、五味子、山楂等同用，可致磺胺在尿中形成结晶;这类中药还可增加呋喃妥因、利福平、阿司匹林、消炎痛等药在肾脏的重吸收，引起蓄积中毒。
3)抑制酶活性：砷可与酶结合形成不溶化的沉淀而使酶失活，故酶类西药如胃蛋白酶、多酶片、乳酶终生、淀粉酶、胰酶等不能与含砷中成药六神丸、牛黄解毒丸、小儿奇应丸、解毒消炎丸等合用。
4)酸碱中和：如山楂、山茱萸、五味子及乌梅丸、山楂丸、保和丸、六味地黄丸等酸性中药不应与氨茶碱、碳酸氢钠、胃舒平等碱性药合用，两者疗效均受影响。
5)产生毒性反应：如含汞的朱砂安神丸、六神丸、人丹、七厘散、紫雪丹、苏合千香丸、冠心苏合丸等，不能与溴化钾、溴化钠、碘化钾、碘化钠、硫酸亚铁等同服，因可发生还原反应，生成有毒的溴化汞、硫化汞、碘化汞等。