纽约大学菲利普?泰尔诺博士指出，如果冲水时马桶盖打开，马桶内的瞬间气旋最高可以将病菌或微生物带到6米高的空中，并悬浮在空气中长达几小时，进而落在墙壁和物品上。现在大部分家庭中，如厕、洗漱、淋浴都在卫生间里进行，牙刷、漱口杯、毛巾等与马桶共处一室，自然很容易受到细菌污染。因此，应养成冲水时盖上马桶盖的习惯。
马桶圈细菌多要重点清洁
复旦大学公共卫生学院郁庆福教授指出，调查发现，32％的马桶上有痢疾杆菌，其中一种名为“宋内”的痢疾杆菌在马桶圈上存活的时间长达17天；另一份实验报告也指出，将1亿个脊髓灰质炎病毒投入马桶内，溅到座圈上的病毒竟有3000个。同时，不少人冬天喜欢在马桶上套个绒布垫圈，这样更容易吸附、滞留排泄污染物，传播疾病的可能性更大。
污染如此严重的地方恰恰和人们皮肤的接触最“亲密”，因此要重点进行清洁，每隔一两天应用稀释的家用消毒液擦拭。至于布制的垫圈最好不用，如果一定要使用的话，应经常清洗消毒。如果有条件，不妨换一个具有抗菌功能和防溅设计的座便器。
马桶内的脏物及时清洗
马桶容易沾染尿渍、粪便等污物，冲水后如果发现仍留有残迹，一定要及时用马桶刷清除干净，否则容易形成黄斑污渍，也会滋生霉菌和细菌。除了管道口附近，马桶内缘出水口处和底座外侧都是藏污纳垢的地方，清洗时先把马桶圈掀起，并用洁厕剂喷淋内部，数分钟后，再用马桶刷彻底刷洗一遍，最好用细头的刷子，这样能更好地清洁马桶内缘和管道口深处。然后再刷洗底座和其他缝隙。
马桶边尽量不设废纸篓
平时也可以在水箱中放置渐溶式自动洁厕剂或挂上壁挂式消毒栓，通过每次冲洗达到清洁、除垢、消毒除菌的效果。
大多数家庭都会在马桶边设一个废纸篓，存放使用过的厕纸，但这样会造成细菌随空气散播，因为很少有人能做到随时清理，至少都会存放一两天，而时间越长，滋生的细菌就越多。
应该将厕纸丢进马桶内冲走，只要不是太厚、太韧，厕纸一般都能在水中很快变软，所以不用担心堵塞。有需要时，备一个卫生袋就可以，没必要再设废纸篓。如果一定要用，也要选带盖子的，以防细菌散播，并及时处理用过的厕纸。
马桶刷要保持清洁干燥
马桶刷是保持马桶清洁的功臣，然而，如果不注意清洁和干燥，它也会成为污染源。每次刷完污垢，刷子上难免会沾上脏物，最好随手再冲一次水，将其冲洗干净，把水沥干，喷洒消毒液，或定期用消毒液浸泡，并放在合适的地方。
专家建议，最好把马桶刷挂起来，不要随便放在角落里，也不要放在不透风的容器里。