中医认为莲子性平味甘、涩，入心、肺、肾经，具有补脾、益肺、养心、益肾和固肠等作用，适用于心悸、失眠、体虚、遗精、白带过多、慢性腹症等症。莲子中间青绿色的胚芽，叫莲子心，味很苦，却是一味良药。中医认为它有清热、固精、安神、强心、降压之效，可治高烧引起的烦躁不安、神志不清和梦遗滑精等症。莲子居住的“房子”叫莲房，又叫莲蓬壳，能治产后胎衣不下、淤血腹疼、崩漏带下、子宫出血等症。还有一种“石莲子”，又称甜石莲，是莲子老于莲房后，堕入淤泥，经久坚黑如石质而得名。临床上常用于治疗口苦咽干、烦热、慢性淋病和痢疾等症。
莲子中的钙、磷和钾含量非常丰富，每公斤莲子中含有蛋白质81.3克，脂肪9.8克，糖304毫克，钙436毫克，磷1.397毫克，铁 31.4毫克，还含有其他多种维生素、微量元素、荷叶碱、金丝草甙等物质，除可以构成骨骼和牙齿的成分外，还有促进凝血，使某些酶活化，维持神经传导性，镇静神经，维持肌肉的伸缩性和心跳的节律等作用。丰富的磷还是细胞核蛋白的主要组成部分，帮助机体进行蛋白质、脂肪、糖类代谢，并维持酸碱平衡，对精子的形成也有重要作用。莲子有养心安神的功效。
中老年人特别是脑力劳动者经常食用莲子，可以健脑，增强记忆力，提高工作效率并能预防老年性痴呆的发生。莲子心味道极苦，却有显著的强心作用，能扩张外周血管，降低血压。莲心还有很好的去心火的功效，治疗口舌生疮，助益睡眠。莲子有益心补肾、健脾止泻、固精安神的作用。然而，莲子纵然有千般好处，也非人人皆宜，例如常常便秘的人就不太适合吃莲子。