具有清心去热、涩精、止血、止渴等功效，可治疗心衰、休克、阳痿、心烦、口渴、吐血、遗精、目赤、肿痛等病症，清心火，平肝火，泻脾火，降肺火，消暑除烦，生津止渴，治目红肿。用莲子芯冲水喝，可以治疗便秘。清心，去热，止血，涩精；治心烦，口渴，吐血，补肾固精功效，可治肾虚。有史料记载，乾隆皇帝每到避暑山庄总要用荷叶露珠炮制莲子芯茶，以养心益智，调整元气，清心火与解毒。莲子中的钙、磷和钾含量非常丰富，除可以构成骨骼和牙齿的成分外，还有促进凝血，使某些酶活化，维持神经传导性，镇静神经，维持肌肉的伸缩性和心跳的节律等作用。丰富的磷还是细胞核蛋白的主要组成部分，帮助机体进行蛋白质、脂肪、糖类代谢，并维持酸碱平衡，对精子的形成也有重要作用。
莲子有养心安详的功效。中老年人特别是脑力劳动者经常食用，可以健脑，增强记忆力，提高工作效率，并能预防老年痴呆的发生。莲子芯味道极苦，却有显著的强心作用，能扩张外周血管，降低血压。莲芯还有很好的去心火的功效，可以治疗口舌生疮，并有助于睡眠。
《本草纲目》亦云：莲子，难产多用之。《食物中药与便方》中还介绍：妇女子宫阵缩无力而难产：莲子10个，煮水，冲入黄酒半杯温服。故凡在怀孕早中期，切勿食之。另有莲子，性同海马，孕妇能吃莲子吗?《本草纲目拾遗》中曾说：莲子功倍海马，催生尤捷效。由此可见，孕妇能吃莲子吗?怀孕妇女非临产或难产之际，切勿服食。
适宜孕妇临产之前或难产之际食用。而正常怀孕期间不宜服食，因它有活血堕胎作用。正如《本草新编》所说：莲子入肾经命门，更善堕胎，故能催生。